Iskolánk jogelődje, a Martos Flóra Egészségügyi Szakközépiskola 1971-ben vezette be az egészségügyi szakközépiskolai képzést, felváltva ezzel az addigi gimnáziumi oktatást. A társadalmi, oktatáspolitikai változásokhoz való alkalmazkodás eredményeképpen 1992-től ismét vannak gimnáziumi osztályok is. Ehhez az időszakhoz köthető az iskola nevének megváltozása Eötvös József Gimnázium és Egészségügyi Szakközépiskolára.
1996. július elsején iskolánk visszakerült a Magyarországi Evangélikus Egyház tulajdonába. Amennyire kis változást eredményezett ez a tény az iskola nevében (kiegészült az evangélikus szóval), annyira nagyot hozott az itt folyó munkában. Az intézmény történetében először iskolarendszerű szakképzést szerveztünk; két egymás követő évben oktattuk a soproni Erzsébet Kórház, az Állami Szanatórium és a kapuvári Lumnitzer Sándor Kórház dolgozóit. Bekapcsolódtunk a Magyar Ápolási Egyesület oktatási szekciójának munkájába. Sikeresen pályáztunk az Európai Unió szakképzéssel kapcsolatos Leonardo-programjára, melynek eredményeképpen szakmai gyakorlatokra vonatkozó finn-német-magyar diákcsere valósulhatott meg.
Nappali képzésben előrelépést jelentett az úgynevezett HÍD-program alkalmazásával történő ápolóképzés beindítása, illetve az érettségi előtt álló szakközépiskolás korosztály világbanki képzési modell szerinti oktatása.
Új elemként jelent meg az intézmény munkájában az iskolarendszeren kívüli szakképzés. 2008-tól gyógyszertári asszisztensképzés, 2009-től gyógyszertári szakasszisztensképzés, majd 2011 szeptemberétől ápolóképzés vette kezdetét. Ez utóbbi második csoportja 2012. október ötödikén kezdte meg tanulmányait.
2013. január 1-jétől jelentős változások történtek az ágazati szakközépiskolák életében. A tanulók a négy év tanulmányi idő alatt a hagyományos tantárgyak mellett 1200 szakmai óra volt. A végzettek szakmai érettségi vizsgát tettek, mely az 5522/4 FEOR számú, kisegítő ápoló megnevezésű munkakör betöltésére jogosította fel őket. Az oktatási rendszerben maradók a 13. évfolyam után gyakorló ápoló, a 14. évfolyamot követően ápoló, államilag elismert OKJ-s szakmát szerezhettek.
A 2016/2017. tanévtől felmenő rendszerben a szakgimnáziumban végzettek általános ápolási és egészségügyi asszisztens mellékszakképesítést is szerezhettek. A fentiekben vázoltakhoz hasonlóan a 13. évfolyam után gyakorló ápolói, a 14. évfolyamot követően ápolói végzettséget kaptak.
2020. szeptember 1-től indult az egészségügy ágazat, technikusi szintű szakképzettség megszerzésével záruló képzési forma.
